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　国税局が上部組織、税務署が下部組織です。

　まず財務省の外局として国税庁が存在し、その下に全国１１ヶ所の国税局と１ヶ所の沖縄国税事務所が存在します。
更に国税局の下に全国５２４ヶ所の税務署が存在します。

　参考リンク「国税庁の機構」　
http://www.nta.go.jp/soshiki/kokuzeicho/kiko/kikou.htm

　北海道の場合、まず札幌市中央区に札幌国税局が存在し、その下部組織として２０ヶ所の税務署が存在します。
ちなみに札幌国税局と札幌中税務署は同じビル内にあります。

　参考リンク「税務署所在地・案内（北海道）」
http://www.nta.go.jp/sapporo/guide/zeimusho/index.htm

　法人課税だけに関していえば、国税局は資本金１億円以上の大企業及び外国法人を所轄して法人税・消費税の税務調査を担当します。そして税務署は資本金１億円未満の中小企業を所轄して法人税・消費税・源泉所得税の税務調査を担当します。

　国税局の税務調査は大企業を対象としたものなので、その調査期間は比較的長く、実地調査だけでも短くて１週間、長くて２週間以上を要します。複数の調査官がドヤドヤと一堂に会し、現場はかなり騒然となります。また源泉所得税の調査は実施しませんが、その代わり下部組織である税務署の源泉所得税調査官が一緒に来てダブル調査を受けることが多いです。

　税務署の税務調査は中小企業を対象としたものなので、国税局の調査に比べると比較的短期間で終わります。実地調査は３日程度、１週間以上を要することはまれです。調査官の人数も１〜２名のケースが多いです。

　そして税務調査の年間実施割合ですが、国税局所轄法人は年間約１２％、税務署所轄法人は約４％となっております。国税局所轄法人は数が少ない(全法人の約１％)ので、ほぼ８〜９年で全て一巡する計算となります。その一方で税務署所轄法人は数が多く、また赤字会社や休眠会社も多いため、全ての法人を調査するのは現実的に難しいようですね。

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